В память о мученической смерти францисканцев на горе между 1613 и 1636 годами были воздвигнуты три деревянных креста. В 1740 году обветшавшие кресты были заменены новыми. Когда они, обветшав, рухнули в1869, власти не позволили их восстановить. Во время Первой мировой войны в 1916 году, когда Вильнюс был занят немцами, по инициативе ксёндза Казимира Михалькевича (Kazimierz Michalkiewicz) были собраны средства и организованы работы по сооружению монумента из прочного материала. Особую трудность составляла доставка на высокий и труднодоступный холм воды и строительных материалов, которые приходилось носить практически на руках. За два месяца были сооружены кресты из железобетона по проекту Антония Вивульского и тайно (поскольку немецкие власти не разрешали) освящены тем же ксендзом Казимиром Михалькевичем.
Кресты простояли до 1950 (по другим сведениям до 1951[1]) года, пока не были взорваны ночью по приказу советских властей. Часть обломков была вывезена, часть закопана в укромном месте.
В 1989 году после кампании за восстановление Трёх крестов, включавшей сбор подписей под обращением к властям, памятник был в течение двух недель восстановлен как памятник жертвам сталинизма. Восстановленный памятник по проекту архитектора Генрикаса Шилингаса исполнил скульптор Станисловас Кузма. Сохранившиеся фрагменты прежних Трёх крестов были вмурованы в фундамент нового памятника, часть "лежат" рядом с восстановленным памятником, на склоне холма. Он точно воспроизводит сооружение по проекту Антония Вивульского, однако на 1,8 м выше и белее цветом. Открытие возобновлённых Трёх крестов состоялось 14 июня 1989 года, в годовщину массовых арестов и депортаций 1941 года. Освятил памятник кардинал Винцентас Сладкявичюс (Vincentas Sladkevičius).
